Razões para higienizar suas biqueiras:
Evitar o entupimento do canal de saída da bebida e/ou respirador
Remover o acumulo de poeiras e “sujeiras”
Não permitir o aparecimento de mofo causado pela umidade
Evitar misturar o gosto de duas bebidas
Quando higienizar as suas biqueiras:
Antes do primeiro uso
Em intervalos regulares (aconselhável 1 vez por semana, podendo variar de acordo com o ambiente)
Toda vez que for usar a biqueira em uma garrafa nova
Sempre que verificado uma necessidade extra

Existe uma máquina própria para a higienização de biqueiras, porém nunca encontrei a venda aqui no Brasil. Ela pode ser facilmente adquirida nos EUA por um custo médio de 50 dólares entretanto ela não é só maravilhas, sua capacidade é de apenas 12 biqueiras por vez e o processo é manual.

Existe também uma outra maneira de higienizar suas biqueiras, a qual eu mostro a seguir com um vídeo e o passo a passo:
Passo a passo:
Preparar em um recipiente uma solução de água morna e sabão neutro (É importante lembrar que não se deve usar detergentes com cheiro, pois estes podem deixar gosto e cheiro nas biqueiras que passam para as bebidas)
Deixar as biqueiras de molho por uns 5 minutos
Enxaguar bem em água fria
Secar bem antes de guardar (para a umidade não criar mofo).
Guardar elas em um recipiente com tampa até a proxima utilização
Dica: É bom ter sempre uma reserva de biqueiras higienizadas no bar para caso precise de alguma durante o trabalho.